pU6pp-Pb2Cpf1 D521
Vector CRISPR/Cas con Pb2Cpf1.
GenBank (.gbk)SnapGene (.dna)FASTA.seq
Se abre en SnapGene Viewer (gratuito), Benchling, ApE y Geneious.
Sitios de restricción
| Corte único · sitio | Corta en | Ubicación |
|---|---|---|
| MfeI (MunI)C^AATTG | 331 | en Ubi-int |
| XhoI (PaeR7I)C^TCGAG | 797 | en Ubi-int |
| NcoIC^CATGG | 1144 | en Intron |
| ApaI (PspOMI)GGGCC^C | 1157 | en Intron |
| NheI (BmtI)G^CTAGC | 1217 | en Intron |
| ClaI (BspDI)AT^CGAT | 1330 | en Intron |
| BamHIG^GATCC | 1610 | entre Ubi-int y ORF-1 |
| AarICACCTGC(4/8) | 2636 | en ORF-1 |
| BstEII (Eco91I)G^GTNACC | 2672 | en ORF-1 |
| EagI (Eco52I)C^GGCCG | 2847 | en ORF-1 |
| AatII (ZraI)GACGT^C | 3804 | en ORF-1 |
| SacII (Cfr42I)CCGC^GG | 4252 | en ORF-1 |
| SmaI (XmaI, TspMI)CCC^GGG | 5476 | entre ORF-1 y NOS-T |
| EcoRIG^AATTC | 5736 | entre NOS-T y U6 Pp |
| HindIIIA^AGCTT | 6093 | entre DR y ColE1 |
| SalIG^TCGAC | 6110 | entre DR y ColE1 |
| BsaI (Eco31I)GGTCTC(1/5) | 6962 | en Amp |
| XmnI (PdmI)GAANN^NNTTC | 7500 | en Amp |
Corte doble: XbaI (130, 1125), EcoRV (45, 5861), SfiI (87, 6124), PvuI (698, 7271), PvuII (2778, 5924), BsmBI (6077, 6109).
Sin sitio: SphI, KpnI, SacI, NotI, SpeI, MluI, AscI, PacI, SbfI, FseI, PmeI, SwaI, AvrII, BsiWI, AgeI, HpaI, BsrGI, BbsI, SapI.
Calculado a partir de la secuencia GenBank para 50 enzimas comunes; las posiciones son el corte en la hebra superior, sin metilación Dam/Dcm. Compare vectores en el buscador de sitios de restricción.
- Promotor 1
- U6
- Gen 2
- Pb2Cpf1
- Tamaño
- 7663 bp, circular
- Fecha del registro
- 07-JUN-2019
Construcción
- Ubi-int–ORF-1 · NOS-T · casete con inserto, 98–5732
- U6 Pp (sin scaffold anotado) · casete de gRNA, 5742–6060
Ligation of Pb2Cpf1-Bam-Xma* into D054pU6pp-LbCpf1*
Extraído del archivo GenBank; compare todos los vectores en la tabla de múltiples casetes de expresión.
Elementos anotados
| Elemento | Tipo | Inicio | Fin | Longitud | Hebra |
|---|---|---|---|---|---|
| Ubi-int | Promotor misc_feature | 98 | 1606 | 1509 | + |
| Intron | Sitio misc_feature | 1085 | 1604 | 520 | + |
| ORF-1 | Secuencia codificante CDS | 1625 | 5473 | 3849 | + |
| NLS | Sitio misc_feature | 1631 | 1651 | 21 | + |
| NLS | Sitio misc_feature | 5423 | 5470 | 48 | + |
| NOS-T | Terminador misc_feature | 5479 | 5732 | 254 | + |
| U6 Pp | Promotor misc_feature | 5742 | 6060 | 319 | + |
| DR | Sitio misc_feature | 6062 | 6082 | 21 | + |
| ColE1 | Origen / backbone misc_feature | 6161 | 6825 | 665 | − |
| Amp | Sitio misc_feature | 6826 | 25 | 0 | − |
PromotorSecuencia codificanteTerminadorMarcador de selecciónOrigen / backboneBorde del T-DNASitio
Los tipos de elemento se deducen de las anotaciones del archivo GenBank; la referencia es el propio archivo.
Cómo citar
Cite el vector así en la sección de Materiales y métodos.
pU6pp-Pb2Cpf1 (D521; DNA Cloning Service e.K., Hamburg, Germany; https://dna-cloning.com/vectors/crispr/pU6pp-Pb2Cpf1)¿Su artículo utiliza uno de nuestros vectores? Avísenos.