p6D35s-C9wt-U6GmNhe F651
Vecteur CRISPR/Cas avec 35s–hptII et Cas9, pour les dicotylédones.
GenBank (.gbk)SnapGene (.dna)FASTA.seq
S’ouvre dans SnapGene Viewer (gratuit), Benchling, ApE et Geneious.
Sites de restriction
| Enzyme à coupure unique · site | Coupe en | Emplacement |
|---|---|---|
| XhoI (PaeR7I)C^TCGAG | 587 | entre 35S et Kozak |
| MluIA^CGCGT | 1 820 | entre hptII'' et E9 |
| SbfI (SdaI)CCTGCA^GG | 2 130 | entre E9 et Pro-Ubq10At |
| NotIGC^GGCCGC | 2 139 | entre E9 et Pro-Ubq10At |
| SalIG^TCGAC | 2 984 | dans Pro-Ubq10At |
| SpeIA^CTAGT | 3 622 | entre Pro-Ubq10At et Cas9WT |
| BamHIG^GATCC | 3 628 | entre Pro-Ubq10At et Cas9WT |
| NcoIC^CATGG | 5 107 | dans Cas9WT |
| SmaI (XmaI, TspMI)CCC^GGG | 7 842 | entre Cas9WT et NOS-T |
| NsiI (Mph1103I)ATGCA^T | 7 965 | dans NOS-T |
| BsrGI (Bsp1407I)T^GTACA | 8 252 | dans U6Gm |
| BsmBI (Esp3I)CGTCTC(1/5) | 8 265 | dans U6Gm |
| BstBI (Bsp119I)TT^CGAA | 8 420 | dans targetRNA |
| HindIIIA^AGCTT | 8 423 | dans targetRNA |
| NheI (BmtI)G^CTAGC | 8 523 | entre gRNA et Right Border Region |
| ApaI (PspOMI)GGGCC^C | 8 554 | entre gRNA et Right Border Region |
| KpnI (Acc65I)GGTAC^C | 8 560 | entre gRNA et Right Border Region |
| PmeI (MssI)GTTT^AAAC | 8 592 | dans Right Border Region |
Double coupure : EcoRI (2 806, 8 102), PstI (2 130, 8 146), SphI (6 951, 8 717), SacI (3 239, 3 684), SfiI (2 138, 8 537), MfeI (14, 1 281), EagI (2 139, 8 974), AatII (4 226, 8 983), BsaI (8 407, 8 439), SapI (3 244, 4 838).
Aucun site : NdeI, ClaI, AscI, PacI, FseI, SwaI, AvrII, BsiWI, AgeI, HpaI, AarI.
Calculé à partir de la séquence GenBank pour 50 enzymes courantes ; les positions correspondent à la coupure sur le brin supérieur, sans méthylation Dam/Dcm. Comparez les vecteurs dans la recherche de sites de restriction.
- Promoteur 1
- 35s
- Gène 1
- hptII
- Gène 2
- Cas9
- Caractéristiques
- dicotylédones, U6Gm
- Autres marqueurs
- hptII'', strep/spec
- Taille
- 13 245 bp, circulaire
- Date de l’enregistrement
- 15-JUN-2023
Construction
- 35S–hptII · E9 · cassette de sélection, 169–2 120
- Pro-Ubq10At–Cas9WT · NOS-T · cassette avec insert, 2 146–8 098
- U6Gm–gRNA · cassette ARNg, 8 108–8 522
- MCS · 4 sites uniques · en 8 523, 8 592
- SfiI ×2 · encadre 2 cassettes · en 2 138, 8 537
- BsaI Golden Gate · extrémités cohésives GGAT, GTTT · en 8 407, 8 439
- Bordures de l’ADN-T · LB, RB
Ligation of D784p7D35s-C9wt-U6GmNhe* into D010p6D35s*
Extrait du fichier GenBank ; comparez tous les vecteurs dans le tableau des cassettes d’expression multiples.
Éléments annotés
| Élément | Type | Début | Fin | Longueur | Brin |
|---|---|---|---|---|---|
| LB' | Bordure de l’ADN-T misc_feature | 1 | 24 | 24 | + |
| 35S | Promoteur misc_feature | 169 | 584 | 416 | + |
| Kozak | Site misc_feature | 600 | 604 | 5 | + |
| hptII | Marqueur de sélection CDS | 605 | 1 174 | 570 | + |
| int | Site misc_feature | 1 175 | 1 363 | 189 | + |
| 'hptII'' | Marqueur de sélection CDS | 1 364 | 1 819 | 456 | + |
| 'E9 | Terminateur misc_feature | 1 830 | 2 120 | 291 | + |
| Pro-Ubq10At | Promoteur misc_feature | 2 146 | 3 621 | 1 476 | + |
| Ubi cds 5` | Séquence codante CDS | 3 250 | 3 313 | 64 | + |
| íntron | Autre misc_feature | 3 316 | 3 619 | 304 | + |
| 'Cas9WT | Séquence codante CDS | 3 643 | 7 839 | 4 197 | + |
| NLS | Site misc_feature | 3 649 | 3 669 | 21 | + |
| NLS | Site misc_feature | 7 789 | 7 836 | 48 | + |
| NOS-T | Terminateur misc_feature | 7 845 | 8 098 | 254 | + |
| U6Gm | Promoteur misc_feature | 8 108 | 8 412 | 305 | + |
| targetRNA | Site CDS | 8 413 | 8 439 | 27 | + |
| hairpin | Site CDS | 8 440 | 8 469 | 30 | + |
| gRNA | Site misc_feature | 8 440 | 8 522 | 83 | + |
| Right Border Region | Autre misc_feature | 8 563 | 9 165 | 603 | + |
| RB | Bordure de l’ADN-T misc_feature | 8 608 | 8 631 | 24 | + |
| 'ColE1'' | Origine / squelette misc_feature | 9 179 | 9 837 | 659 | + |
| ''pVS1 ORI''' | Origine / squelette misc_feature | 9 866 | 11 829 | 1 964 | + |
| ParB | Séquence codante CDS | 10 192 | 11 367 | 1 176 | + |
| strep/spec | Marqueur de sélection CDS | 12 018 | 13 028 | 1 011 | + |
| Left Border Region | Bordure de l’ADN-T misc_feature | 13 096 | 163 | 0 | + |
PromoteurSéquence codanteTerminateurMarqueur de sélectionOrigine / squeletteBordure de l’ADN-TSite
Les types d’éléments sont déduits des étiquettes du fichier GenBank ; c’est le fichier lui-même qui fait référence.
Comment citer
Citez le vecteur ainsi dans la partie Matériel et méthodes.
p6D35s-C9wt-U6GmNhe (F651; DNA Cloning Service e.K., Hamburg, Germany; https://dna-cloning.com/vectors/crispr/p6D35s-C9wt-U6GmNhe; RRID:SCR_029231)Votre article utilise l’un de nos vecteurs ? Dites-le-nous.