pU6pp-LbCpf1 D054
Vecteur CRISPR/Cas avec LbCPf1.
GenBank (.gbk)SnapGene (.dna)FASTA.seq
S’ouvre dans SnapGene Viewer (gratuit), Benchling, ApE et Geneious.
Sites de restriction
| Enzyme à coupure unique · site | Coupe en | Emplacement |
|---|---|---|
| MfeI (MunI)C^AATTG | 331 | dans Ubi-int |
| XhoI (PaeR7I)C^TCGAG | 797 | dans Ubi-int |
| BglIIA^GATCT | 1 044 | dans Ubi-int |
| NcoIC^CATGG | 1 144 | dans Intron |
| ApaI (PspOMI)GGGCC^C | 1 157 | dans Intron |
| NheI (BmtI)G^CTAGC | 1 217 | dans Intron |
| BamHIG^GATCC | 1 610 | entre Ubi-int et ORF-1 |
| SacI (Ecl136II)GAGCT^C | 3 903 | dans ORF-1 |
| AarICACCTGC(4/8) | 4 483 | dans ORF-1 |
| SmaI (XmaI, TspMI)CCC^GGG | 5 410 | entre ORF-1 et NOS-T |
| EcoRIG^AATTC | 5 670 | entre NOS-T et U6 Pp |
| PvuIICAG^CTG | 5 858 | dans U6 Pp |
| HindIIIA^AGCTT | 6 027 | entre DR et ColE1 |
| SalIG^TCGAC | 6 044 | entre DR et ColE1 |
| BsaI (Eco31I)GGTCTC(1/5) | 6 896 | dans Amp |
Double coupure : XbaI (130, 1 125), PstI (102, 1 603), SfiI (87, 6 058), StuI (81, 6 052), NsiI (1 375, 5 533), BstEII (2 800, 4 589), BsmBI (6 011, 6 043).
Aucun site : SphI, KpnI, NotI, SpeI, MluI, AscI, PacI, SbfI, FseI, PmeI, SwaI, AvrII, BsiWI, AgeI, HpaI, BsrGI, EagI, SacII, AatII, BbsI.
Calculé à partir de la séquence GenBank pour 50 enzymes courantes ; les positions correspondent à la coupure sur le brin supérieur, sans méthylation Dam/Dcm. Comparez les vecteurs dans la recherche de sites de restriction.
- Promoteur 1
- U6
- Gène 2
- LbCPf1
- Taille
- 7 597 bp, circulaire
- Date de l’enregistrement
- 14-NOV-2018
Construction
- Ubi-int–ORF-1 · NOS-T · cassette avec insert, 98–5 666
- U6 Pp (aucun scaffold annoté) · cassette ARNg, 5 676–5 994
Ligation of TargetCpf1_EcoSal* into D042pUbiZmU6pp-Cpf1*
Extrait du fichier GenBank ; comparez tous les vecteurs dans le tableau des cassettes d’expression multiples.
Éléments annotés
| Élément | Type | Début | Fin | Longueur | Brin |
|---|---|---|---|---|---|
| Ubi-int | Promoteur misc_feature | 98 | 1 606 | 1 509 | + |
| Intron | Site misc_feature | 1 085 | 1 604 | 520 | + |
| ORF-1 | Séquence codante CDS | 1 625 | 5 407 | 3 783 | + |
| NLS | Site misc_feature | 1 631 | 1 651 | 21 | + |
| NLS | Site misc_feature | 5 357 | 5 404 | 48 | + |
| NOS-T | Terminateur misc_feature | 5 413 | 5 666 | 254 | + |
| U6 Pp | Promoteur misc_feature | 5 676 | 5 994 | 319 | + |
| DR | Site misc_feature | 5 996 | 6 016 | 21 | + |
| ColE1 | Origine / squelette misc_feature | 6 095 | 6 759 | 665 | − |
| Amp | Site misc_feature | 6 760 | 25 | 0 | − |
PromoteurSéquence codanteTerminateurMarqueur de sélectionOrigine / squeletteBordure de l’ADN-TSite
Les types d’éléments sont déduits des étiquettes du fichier GenBank ; c’est le fichier lui-même qui fait référence.
Comment citer
Citez le vecteur ainsi dans la partie Matériel et méthodes.
pU6pp-LbCpf1 (D054; DNA Cloning Service e.K., Hamburg, Germany; https://dna-cloning.com/vectors/crispr/pU6pp-LbCpf1)Votre article utilise l’un de nos vecteurs ? Dites-le-nous.